![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
Как известно, все белки состоят из:
1) Атомный уровень - 5 атомов С, Н, О, N и S,
2) Уровень групп - атомы сложены в группы - аминогруппы, радикалы, карбоксильная группы итд.
3) Уровень аминокислот - Группы сложены в аминокислоты
В зависимости от того, насколько статична структура того или иного уровня (нужно знять для точности рассчета сворачивания) рассчитываем результирующие поля - ионные, водородные, ковалентные связи, гидрофильно-гидрофобные ... то есть вектора взаимодействия между парами из этого списка с нужным шагом, а затем помещаем в таблицу в ОЗУ.
Если кол-во таких пространственно-временных шагов <= объему ОЗУ, это дает значительное ускорение тк для рассчета взаимодействия силы не рассчитываются а складываются прямой выборкой из озу (что быстрее минимум на 2+ порядка)
1) Атомный уровень - 5 атомов С, Н, О, N и S,
2) Уровень групп - атомы сложены в группы - аминогруппы, радикалы, карбоксильная группы итд.
3) Уровень аминокислот - Группы сложены в аминокислоты
В зависимости от того, насколько статична структура того или иного уровня (нужно знять для точности рассчета сворачивания) рассчитываем результирующие поля - ионные, водородные, ковалентные связи, гидрофильно-гидрофобные ... то есть вектора взаимодействия между парами из этого списка с нужным шагом, а затем помещаем в таблицу в ОЗУ.
Если кол-во таких пространственно-временных шагов <= объему ОЗУ, это дает значительное ускорение тк для рассчета взаимодействия силы не рассчитываются а складываются прямой выборкой из озу (что быстрее минимум на 2+ порядка)
